Bažnyčios vidaus erdvė yra suskirstyta į tris navas. Didysis altorius yra ąžuolinis, gotikinio stiliaus, padarytas meistro Zaborskio iš Šiaulių.
Iš seniausių laikų Krekenava garsėjo Dievo Motinos paveikslu, kurį tikintieji laikė ir tebelaiko turinčiu stebuklingos galios. Užregistruota nemaža išgijimų, paveikslas apkabinėtas votais. Šio paveikslo garbei sudėta giesmių lietuvių ir lenkų kalbomis.
Padavimas sako, jog stebuklingasis paveikslas į šias apylinkes atgabentas pačiais pirmaisiais krikščionybės Lietuvoje laikais. Jį iš Krokuvos atvežęs pamaldus riteris Šilingas ir padovanojęs misionieriui kun. Albertui, kuris tuomet prie Nevėžio krantų skelbęs Dievo Žodį. Iš pradžių paveikslas buvęs patalpintas mažutėje koplytėlėje, vėliau perkeltas į Krekenavos bažnyčią, kur pradėjęs garsėti stebuklais. Kai XVIII a. pirmoje pusėje jį iš degančios bažnyčios stebuklingai išnešė vienas senukas, Dievo Motinos paveikslas apsipynė naujomis legendomis. Nuo to laiko Mariją čia imta dar uoliau garbinti, o Dievo Motina atsakydavo gausiomis malonėmis.
Paveiksle vaizduojama Švenčiausioji Mergelė su Kūdikiu ant rankų, pasipuošusi vainiku ir sidabro drabužiais. 1960 m. buvo nustatyta, kad paveikslas nutapytas Italijos mokyklos stiliumi ir papuoštas Vilniaus auksakalių.
Į Krekenavą 1853 m. žiemą atvyko dirbti kunigas Antanas Mackevičius. Raštuose minima, kad kunigas, surinkęs 20 vaikų būrį, stropiai mokė juos lietuvių kalbos. O po dviejų metų vyskupas M. Valančius jį paskyrė į Paberžę.
1915–1918 m. čia atostogaudavo Maironis, palikęs gyventojams daugybę ilgainiui legendiniais tapusių prisiminimų.
1940 m. krekenaviečiai narsiai gynė kleboniją nuo “skrebų”, kad jos neuždarytų. Tarybiniais metais į Krekenavą gausiai atvykdavo eucharistijos bičiulių pasimelsti už Tėvynės atgimimą. 1980 m. stebuklingas Marijos paveikslas buvo papuoštas didžiuliu gintariniu rožiniu, kurį vyskupijos jaunimas padovanojo Dievo Motinai.
Krekenavos Dievo Motina, melski už mus !
